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西汉初期 ,奇台为车师后部属匈奴。西汉神爵二年 (公元前 60),西汉在西域设都护府 ,包括奇台在内的西域大部地区归入中央政府管辖。初元元年 (公元前 48),西汉设戊己校尉 ,在车师故地 (今吐鲁番地区、昌吉州一带 ,包括奇台县境在内 )屯田。东汉时期 ,车师后城长国被车师后国吞并。永平十七年(公元 74),东汉恢复西域都护府 ,戊己校尉屯田于车师后国金满城及疏勒城等地。

魏黄初二年 (公元 221),西域复通 ,置西域长史、戊己校尉 ,分西域为 20道,今奇台仍属车师后国。东晋元兴元年(公元 402),柔然部首领社仑击败匈奴遗种日拔也鸡 ,领有西域东部 ,县境属柔然。北魏太和十一年 (公元 487),高车副伏罗部反抗柔然起义开始,西迁到今奇台等东部天山北麓一带。北魏永平元年 (公元 508),哒取代高车统治奇台等地。西魏废帝元年 (公元 552),突厥兴起 ,县境属其领辖。

唐贞观十四年 (公元 640),唐朝置蒲类县 ,今奇台境域为其辖地。唐永徽二年 (公元 651)七月 ,西突厥阿史那贺鲁攻陷金满城、蒲类县。唐显庆三年 (公元 658),复置庭州、蒲类县。唐龙朔二年至三年初 (公元 662~663),在庭州设金山都护府 ,蒲类县归其所辖。武周长安二年 (公元 702),在庭州置北庭都护府 ,领有蒲类县。唐开元年间 (公元713~741),唐朝在今老奇台附近设独山守捉 ,至乾元三年(公元 766),独山守捉城陷于吐蕃。唐开成四年 (公元 840),漠北回鹘西迁 ,进入奇台境后据有北庭。

宋咸平六年 (1003),辽在别失八里东境 (今老奇台镇附近)筑可敦城。次年 ,又以此城为镇州军地。

蒙古成吉思汗三年 (1208),铁木真西征路过独山城(唐独山守捉所在地 ),见城空无一人 ,即令月朵失野讷移唆里迷国 60户至此居住。成吉思汗九年 (1214),铁木真授月朵失野讷为达鲁花赤 ,管辖独山城等。蒙古宪宗元年 (1251),设别失八里行尚书省,元至元二十年 (1283),设别失八里宣慰司。元元贞元年(1295),设北庭都元帅府等军政机构 ,先后领有今奇台在内的西域广大地区。明代初期 ,奇台县境为察合台汗国后王秃忽鲁帖木儿后裔辖地。明永乐十五年 (1417),察合台后王歪思迁居伊犁 ,此地遂先后为瓦剌部、和硕特部据有。明末 ,和硕特部迁青海 ,奇台县境遂为准噶尔部游牧地。

清乾隆二十四年 (1759),清朝在今老奇台建奇台堡 ,驻军屯垦。乾隆三十七年 (1772),设奇台总理民屯事务通判。次年 ,奇台奏准设县 ,归镇西府辖。乾隆四十一年 (1776),裁奇台总理民屯事务通判 ,设知县 ,扩建奇台堡为靖宁城作为县治地。同年 ,设奇台县古城巡检。咸丰三年 (1853),奇台县改由迪化州辖,后州改府 ,奇台由迪化府辖。光绪十五年 (1889),县治迁古城 ,古城巡检移往靖宁城。光绪二十八年 (1902),属镇迪道辖。

民国初年 ,沿袭清代建置区划 ,奇台属迪化。民国 8年 (1919),县境西吉尔以东5渠设木垒河县佐 ,民国 19年 (1930),木垒河县佐升格为县 ,后由奇台县析出。中华人民共和国成立初期 ,奇台县属迪化行政区 (1954年更名为乌鲁木齐专区 )辖 ,1958年5月 ,改属昌吉回族自治州辖。